O διάδοχος του Lateralus ήρθε μετά από πέντε χρόνια αναμονής και εν μέσω πληθώρας εικασιών για τη θεματολογία και, κυρίως, για τη μουσική, καθώς πολλοί ήταν αυτοί που μιλούσαν για την επιρροή που άσκησαν στους Tool μπάντες όπως οι Fantômas και οι Meshuggah, με τους οποίους είχαν συμπεριοδεύσει μετά το 2001.

Οι εικασίες επιβεβαιώθηκαν, αλλά ταυτόχρονα επιβεβαιώθηκε και η ικανότητα των Tool για την παραγωγή υλικού που φέρει ατόφια τη δική τους υπογραφή, παρά τις όποιες επιρροές. Το 10,000 Days κυκλοφόρησε το Μάιο του 2006 και, παρόλο το μεγάλο αριθμό πωλήσεων, έλαβε ανάμεικτες κριτικές, γενικά κατώτερες αυτών του Lateralus.

To δίσκο ακολούθησε παγκόσμια περιοδεία, παρόμοια με την προηγούμενη. Μαζί με τους Tool ήταν δύο μεγάλα ονόματα του σύγχρονου metal, οι Mastodon και οι Isis. H περιοδεία διακόπηκε λόγω ενός τραυματισμού του Danny, αλλά συνεχίστηκε 2 μήνες μετά.

Ο δίσκος κέρδισε το Grammy στην κατηγορία Best Recording Package και το Vicarious ήταν υποψήφιο στην κατηγορία Best Hard Rock Performance.

Το 2008 οι 4 απομακρύνθηκαν πάλι για να αφοσιωθεί ο καθένας σε δικές του ασχολίες. Ο Danny έπαιξε πολλά lives με τους Volto!, ο Adam και ο Justin έγραψαν υλικό, ενώ ο Maynard ασχολήθηκε με τα αμπέλια του και την παραγωγή του δικού του κρασιού.

Μέσα στο 2009 έλεγαν ότι είχαν αρχίσει να γράφουν καινούριο υλικό, ενώ το καλοκαίρι βγήκαν ξανά σε περιοδεία, μετά την οποία, όπως ανακοινώθηκε στο επίσημο site, άρχισαν όντως το γράψιμο. Το καλοκαίρι του 2010, τους βρίσκει και πάλι στους αμερικανικούς δρόμους για ζωντανές εμφανίσεις κι εμάς εν αναμονή του καινούριου δίσκου, ο οποίος καλά κάνει να είναι γαμάτος και να βγει σύντομα!

Το μεγαλύτερο μέρος του κειμένου είναι απόδοση από το αντίστοιχο άρθρο της Wikipedia.