Τον Ιανουάριο του 2001 οι Tool ανακοινώνουν το νέο τους δίσκο, που θα ονομαζόταν Systema Encéphale και θα περιείχε τραγούδια με τίτλους όπως Riverchrist, Numbereft, Encephatalis, Musick και Coeliacus. Τα δίκτυα ανταλλαγής αρχείων, όπως το Napster, γέμισαν αμέσως με ψεύτικα αρχεία που είχαν τους αντίστοιχους τίτλους. Την εποχή εκείνη οι Tool ήταν κατηγορηματικά εναντίον των δικτύων ανταλλαγής αρχείων, διότι, όπως υποστήριζαν, είχαν αρνητικές συνέπειες στις πωλήσεις των δίσκων και κατ’ επέκτασιν στους καλλιτέχνες, αφού οι καριέρες τους εξαρτούνταν από τις πωλήσεις των δίσκων.

Το Μάιο της ίδιας χρονιάς αποκαλύφθηκε για ακόμα μια φορά η αίσθηση του χιούμορ των Tool. Ο νέος δίσκος κυκλοφόρησε με τον τίτλο Lateralus και κανένα από τους προαναφερθέντες τίτλους τραγουδιών. Ο δίσκος, σε συνδιασμό με την αντίστοιχη περιοδεία που ακολούθησε, αποτέλεσαν ένα βήμα προς τα εμπρός για τη Μουσική, καθώς έφεραν πιο κοντά το Art Rock και Progressive Rock.

To Lateralus έτυχε εγκωμιαστικών κριτικών και έλαβε υψηλές θέσεις στις βαθμολογίες ανά το παγκόσμιο. Οι Tool βραβεύτηκαν με Grammy για το Schism και κατάφεραν κάτι που πιθανότατα να ήταν το όνειρο τους από παλιά: μια mini περιοδεία για ζωντανές εμφανίσεις με τους αγαπημένους τους, King Crimson. Στη συνέχεια ο Maynard δούλεψε κι άλλο με τους A Perfect Circle και οι υπόλοιποι δούλεψαν σε νέο υλικό.

Το 2005 είχαμε ακόμα μια δόση μαύρου χιούμορ: την πρωταπριλιά, η σελίδα των Tool ανακοίνωσε ότι ο Maynard βρήκε το Χριστό και ότι θα σταματούσε προσωρινά ή και μόνιμα να δουλεύει με το συγκρότημα. Ακολούθησε η λογική αντίδραση από το κοινό, για να έρθει μερικές μέρες αργότερα η αποκάλυψη της πλάκας.

Το γράψιμο νέου υλικού συνεχίστηκε για τη δημιουργία του διαδόχου του Lateralus..

Το μεγαλύτερο μέρος του κειμένου είναι απόδοση από το αντίστοιχο άρθρο της Wikipedia.